W 2001 w zmodernizowanych galeriach wystawiono kolekcję sióstr Cone (Cone Collection) obejmującą największy i najbardziej znaczący na świecie zbiór prac Matisse’a.
Z dniem 1 października 2006 BMA, w porozumieniu z Walters Art Museum, podjęło decyzję o darmowym wstępie dla zwiedzających. Inicjatywa była możliwa dzięki partnerstwu władz miasta i hrabstwa Baltimore, a jej celem było umożliwienie szerszego dostępu do tych dwóch światowej klasy placówek.
Na lata 2011–2014 zaplanowano kompleksową renowację muzeum, która ma kosztować 24,5 miliona dolarów. W kosztach partycypować będą zarówno podmioty publiczne jak i sponsorzy prywatni, w tym władze stanu Maryland i miasta Baltimore. W ramach podjętych prac przewiduje się modernizację podstawowej infrastruktury muzealnej. W efekcie zwiedzający powinni odczuć znaczącą poprawę, zwłaszcza jeśli chodzi o dostęp i korzystanie z trzech głównych kolekcji: sztuki współczesnej, amerykańskiej i afrykańskiej.