Zbiory Historia kolekcji BMA rozpoczęła się w 1914 od pojedynczego obrazu. Dziś w jego zbiorach znajduje się 90 000 dzieł sztuki, w tym największy na świecie zbiór prac Matisse’a, a także arcydzieła van Gogha, Cézanne’a i Picassa. Na uwagę zasługuje też imponująca kolekcja dzieł sztuki współczesnej, w tym ważne przykłady abstrakcyjnego ekspresjonizmu, rzeźby minimalistycznej, pop-artu (wiele późnych dzieł Andy’ego Warhola), a także prace takich artystów jak Olafur Eliasson czy Kara Walker. Muzeum szczyci się również posiadaniem w swych zbiorach światowej sławy kolekcji grafik, rysunków i fotografii (począwszy od XV w. do chwili obecnej), arcydzieł malarstwa europejskiego (Sandro Botticelli, Rembrandt, Anton van Dyck), malarstwa amerykańskiego, rzeźby, i sztuki dekoracyjnej, jednej z najważniejszych w USA kolekcji sztuki afrykańskiej, dzieł sztuki Ameryki przedkolumbijskiej, Azji i wysp Pacyfiku. W przymuzealnych ogrodach eksponowana jest rzeźba współczesna.

Cone Collection thumb|Od lewej: Claribel Cone, Gertrude Stein, Etta Cone (26 czerwca 1903) Ozdobą zbiorów BMA jest kolekcja sióstr Claribel Cone (1864–1929) i Etty Cone (1870–1949), znana jako Cone Collection.