Praca duszpasterska W 1891 zostaje wikariuszem parafii św. Katarzyny Sieneńskiej. W tym czasie urządził dwa internaty szkolne – dla chłopców i dziewcząt. Akcja oświatowa podjęta przez księdza została przez przełożonych uznana za zbyt niebezpieczną i była powodem przeniesienia go do Dorpatu. Tam także podjął działalność edukacyjno-wychowawczą.
Podczas swojego pobytu w Dorpacie zainicjował zbiórkę na budowę kościoła dla parafii. Pomimo zakazu władz, obejmującego nie tylko kwestę, ale nawet podróże prywatne, odbywał częste podróże po Archidiecezji Mohylowskiej oraz na Wołyń, Podolę i Ukrainę. Udawały mu się także podróże bez paszportu do Galicji i Węgier.
W trakcie tych zabiegów dowiedział się, że mieszkańcy wiosek Uzianki i Budników zostali w czasach powstania styczniowego przymuszeni do zmiany wyznania. Pomimo niebezpieczeństwa, jakie wiązało się ze złamaniem zakazu nawracania „prawosławnych”, ksiądz Żyskar udawał się do nich w chłopskim przebraniu w celu przeprowadzania posługi. Pewnego razu, zbiorowa ceremonia ślubna dwunastu par została odkryta przez policjanta. Chłopi przetrzymali go przez jeden dzień, aby dać księdzu możliwość ucieczki.