W meksykańskiej Primera División zadebiutował za kadencji szkoleniowca Enrique Mezy, 9 października 1994 w przegranym 1:2 spotkaniu z Pumas UNAM, natomiast premierowego gola strzelił 29 października tego samego roku, w wygranej 2:0 konfrontacji z Tolucą. Już w swoim premierowym sezonie w nowym klubie, 1994/1995, wywalczył z nim tytuł wicemistrzowski, zaś w 1996 roku triumfował z Cruz Azul w najbardziej prestiżowych rozgrywkach północnoamerykańskiego kontynentu, Pucharze Mistrzów CONCACAF. W 1997 roku po raz drugi zdobył ze swoją ekipą Puchar Mistrzów, a także wygrał rozgrywki krajowego pucharu – Copa México. Podczas jesiennego sezonu Invierno 1997 osiągnął tytuł mistrza Meksyku, a dwa lata później, w fazie Invierno 1999, zanotował drugie wicemistrzostwo kraju. W 2001 roku dotarł natomiast ze swoim zespołem do finału turnieju Copa Libertadores, przegrywając w nim jednak po rzutach karnych z Boca Juniors. Ogółem barwy Cruz Azul reprezentował przez osiem lat, będąc kluczowym zawodnikiem drużyny i jest uznawany za jedną z klubowych legend.