Metro zarządzane jest przez Przedsiębiorstwo Komunikacyjne Miasta Stołecznego Pragi (Dopravní podnik hlavního města Prahy – DPP), które prócz metra obsługuje również tramwaje, autobusy, kolejkę na wzgórze Petřín i wyciąg krzesełkowy w praskim zoo. W 1993 r. utworzono praską komunikację zintegrowaną (Pražská integrovaná doprava – PID) poprzez połączenie systemu z pociągami i autobusami podmiejskimi. Cały system podzielony jest na strefy (z różnymi cenami biletów), ale metro znajduje się w jednej – centralnej strefie.
Wygląd linii i stacji mały|Stacja przesiadkowa Můstek mały|Stacja Bořislavka na linii A Wszystkie trzy linie łączą się w centrum miasta dzięki trzem stacjom przesiadkowym. Stacje wybudowano na różnych głębokościach – najgłębiej położona jest stacja Náměstí Míru (53 metry pod powierzchnią ziemi). Odcinki linii w centrum miasta powstały przy pomocy tarcz do drążenia tuneli, pozostałe zostały wykonane metodą odkrywkową (na tych odcinkach stacje znajdują się tylko kilka metrów pod ziemią). Linia B została częściowo poprowadzona w tunelu nad powierzchnią ziemi.
Większość stacji posiada jeden peron wyspowy i dwa tory, po których odbywa się ruch w przeciwległych kierunkach (prawostronny).