Ze względu na kruchość rządów koalicyjnych, Sukarno w trakcie swoich rządów starał się równoważyć wpływy wojska, islamistów i komunistów. Nacjonalistyczne poglądy członków rządu doprowadziły do radykalizacji polityki zagranicznej kraju, który szybko wpadł w konflikt z Malezją, względem której Indonezja zgłaszała pretensje terytorialne o wyspę Borneo. Indonezja rozpoczęła wspieranie lewicowej partyzantki walczącej na Borneo z rządem malezyjskim (powstanie w Sarawaku)Greg Poulgrain: The genesis of konfrontasi: Malaysia, Brunei, Indonesia, 1945-1965. C. Hurst & Co. Publishers, 1998. .. Pogorszeniu uległy także relacje z Brunei, po tym gdy Indonezja wsparła tam nieudaną rewolucję (rebelia w Brunei). Obawiając się zagrożenia ze strony Holandii, Wielkiej Brytanii lub Stanów Zjednoczonych, Indonezja rozpoczęła proces zakupu broni z ZSRR. Zagrożenie ze strony Zachodu było na tyle prawdopodobne, że CIA wsparło rebelię, która wybuchła w 1958 roku i choć została stłumiona do końca tego samego roku, to nieliczne oddziały partyzanckie funkcjonowały do 1961 rokuRoadnight, Andrew (2002). United States Policy towards Indonesia in the Truman and Eisenhower Years. New York: Palgrave Macmillan. ..