KPI zaczęła zdobywać coraz większe poparcie, aż w końcu zagroziła rządowi nacjonalistów, wtedy też USA wycofało swoją pomoc względem IndonezjiWitton (2003), s. 29.
W 1963, po konflikcie zbrojnym, Indonezja przejęła od Holandii zachodnią część wyspy Nowa Gwinea (Nowa Gwinea Holenderska), która stała się prowincją Irian Zachodni.
Gdy Sukarno znajdował się pod coraz większą presją utrzymania równowagi między wrogimi względem siebie siłami armii i KPI jego autorytet zmalał. W okresie 1965–1966 gen. Suharto stopniowo odsunął Sukarno od władzy i wprowadził wojskową juntę. Suharto wycofał dotychczasową antyimperialistyczną politykę rządu, która zwiększała w Indonezji wpływy ZSRR i Chin. W tym czasie Suharto krwawo stłumił wojskowy zamach stanu, o który oskarżona została KPI. Zamach stanu rozpoczął brutalne czystki i zniszczenie KPI. W represjach junty zginęło około 500 tysięcy ludzi, a ponad milion ludzi trafiło do więzieńFriend (2003), s. 113Robert Cribb (2002). „Unresolved Problems in the Indonesian Killings of 1965–1966”. Asian Survey 42 (4): 550–563. doi:10.1525/as.2002.42.4.550.Ricklefs (1993), s. 280–284, 287–290Friend (2003), s. 107–109.