thumb|Stolica São Salvador, 1745 Rywalizacja o władzę pomiędzy dwoma frakcjami doprowadziła do wybuchu krwawej wojny domowej, która trwała przez prawie cały XVII w. Opuszczona stolica została przejęta przez członków ruchu religijnego antonianizmu pod przywództwem prorokini Kimpy Vity (1682–1706) z zamiarem utworzenia nowego królestwa chrześcijańskiego. Próba podboju Kongo przez Portugalczyków zakończyła się ich klęską 17 października 1670 roku w bitwie pod Kitombo. Pedro IV Agua Rosada Nsamu odbił stolicę i przywrócił królestwo w 1709 roku.
W XVIII w. krajem rządzono w systemie rotacyjnym, który zapewnił stabilność przez pewien czas. Jednak kolejne konflikty wewnętrzne osłabiły kraj i Portugalia interweniowała w sporze o sukcesję po śmierci Henrique II i wsparła przejęcie władzy przez Pedro V. W 1885 roku podpisał traktat, czyniąc Królestwo Kongo Portugalii. Bunt przeciwko rządom Portugalii i spisek królów pod dowództwem Álvaro Buta w latach 1913–14 został stłumiony i doprowadził do ostatecznego upadku królestwa. W 1914 roku zostało ono zintegrowane z portugalską kolonią Angoli.