Rozwój niewolnictwa, konflikty między władcami, prowincjonalnymi naczelnikami i Portugalczykami doprowadziły w XVI wieku do upadku państwa. W latach 60. XVI wieku kraj został spustoszony przez najazd ludów Jaga. Najeźdźcy zostali odparci dopiero z pomocą Portugalczyków w latach 1571–1572, co spowodowało popadnięcie kraju w zależność od nich. Álvaro I Nimi a Lukeni pozwolił Portugalczykom na osiedlenie się w Luandzie i utworzenie kolonii (późniejszej Angoli). W 1596 roku w stolicy Konga zwanej São Salvador (przed chrystianizacją kraju i współcześnie – M’banza-Kongo) powstało samodzielne biskupstwo.
Stosunki z Angolą nie były dobre – w 1622 roku gubernator Angoli najechał południowe Kongo, a w latach 1641–1648, podczas najazdu Holendrów na tereny portugalskie, władca Kongo Garcia II Nkanga a Lukeni stanął po stronie Holandii, która zajęła część Angoli. Spory między Kongo a Portugalią doprowadziły do konfrontacji zbrojnej – 29 października 1665 roku doszło do bitwy pod Mbwilą, w której zginął władca António I Nwita a Nkanga. Po jego śmierci Kongo przestało być zjednoczonym królestwem.