Niech was ocali!”) zmuszono zatrzymanych do odmawiania modlitw. Na koniec większość Żydów została rozstrzelana. Masakrą kierowali SS-Sturmmann z pułku artylerii Dywizji „Kempf” (nazwiskiem Ernst) oraz wachmistrz Tajnej Policji Polowej. Uczestniczyli w niej także inni żołnierze Wehrmachtu i SS-Verfügungstruppe. Po zakończeniu egzekucji ciała zamordowanych wrzucono do rowu w pobliżu żydowskiej łaźni, oblano łatwopalnym płynem i podpalono. Tam też zostały później pogrzebane.
Tego wieczoru Niemcy zamordowali w Krasnosielcu około 50 Żydów. Sześciu lub siedmiu mężczyzn zdołało przeżyć masakrę dzięki interwencji bliżej nieokreślonego oddziału Wehrmachtu. Towarzyszący tej jednostce sanitariusz opatrzył także rany ocalałych Żydów. Zostali oni następnie zabrani do szpitala wojskowego w Olsztynie, gdzie udzielono im fachowej pomocy lekarskiej i dobrze traktowano. Cała grupa zdołała później przedostać się na ziemie polskie okupowane przez ZSRR.