Proces sprawców Już 6 września 1939 obaj żołnierze kierujący masakrą stanęli przed sądem polowym. SS-Sturmmann Ernst został skazany na 3 lata pozbawienia wolności, podczas gdy wachmistrz otrzymał karę 9 lat ciężkiego więzienia. Niski wyrok esesmana sąd uzasadnił stwierdzeniem, że skazany był rozdrażniony z powodu „wielu okrucieństw, których Polacy dopuścili się na volksdeutschach”, a także z powodu okazywanego rzekomo przez Żydów wrogiego stosunku do Niemców. Ponadto uznano, że Ernst „działał w młodzieńczym ferworze, całkowicie bez zastanowienia”, a do zbrodni nakłonił go „pewien podoficer”, który wręczył mu karabin. Żaden z pozostałych uczestników masakry nie został postawiony przed sądem. Proces sprawców masakry Krasnosielcu był jednym z trzech przypadków, kiedy to niemieckie władze wojskowe zdecydowały się wszcząć postępowanie karne przeciw żołnierzom odpowiedzialnym za zbrodnie popełnione na polskiej ludności cywilnej podczas kampanii wrześniowej (podobnie postąpiono tylko w przypadku masakr w Błoniu i Końskich).