Do Polski powrócił w 1934 r., już w roku następnym zostając powołanym do duszpasterstwa wojskowego jako kapelan WP w Dowództwie Korpusu Okręgu nr VIII w Toruniu
Wiosną 1939 r., awansowany na szefa Głównego Urzędu Duszpasterstwa Ewangelicko-Reformowanego w WP, z jednoczesnym zachowaniem obowiązków w Toruniu. Odznaczony Krzyżem Niepodległości.Fotografia w mundurze z przypiętym odznaczeniem na stronie Muzeum Katyńskiego
W trakcie kampanii wrześniowej, po agresji ZSRR na Polskę wzięty do niewoli sowieckiej. Więziony w Szepietówce i Starobielsku, a następnie wraz z innymi duchownymi obrządków rzymskokatolickiego i prawosławnego w moskiewskim więzieniu na Łubiance. Zamordowany przez NKWD w ramach tzw. zbrodni katyńskiej.
Dwukrotnie żonaty. Korzystając z jego amerykańskiego obywatelstwa druga żona i dzieci wyjechali z okupowanej Polski w 1940 r. do Ameryki.
Upamiętnienie Ks. Potockiego, w swoich wspomnieniach więziennych wydanych w USA opisał ks. Franciszek Tyczkowski – późniejszy kapelana 1. Dywizji Piechoty, współwięzień ks. Potockiego ze Starobielska i Łubianki: