Wolała pracować jako wolny strzelec.
W 1942 Williams, która rozwiodła się z mężem, opuściła The Twelve Clouds of Joy i wróciła do Pittsburgha. Dołączył do niej kolega z zespołu, Harold "Shorty" Baker. Stworzyli sześcioosobowy zespół, w skład którego wchodził m.in. perkusista Art Blakey. Po zaręczynach w Cleveland Baker odszedł z zespołu, by dołączyć do orkiestry Duke'a Ellingtona. Williams dołączyła do zespołu w Nowym Jorku, a następnie wyjechała do Baltimore, gdzie wyszła za mąż za Bakera. Podróżowała z Ellingtonem i zaaranżowała dla niego kilka melodii, w tym „Trumpet No End” (1946), jej własną wersję "Blue Skies" Irvinga Berlina. Namówiła także Wellingtona na wykonanie "Walkin 'and Swingin". W przeciągu roku opuściła Bakera z grupą i wróciła do Nowego Jorku.
Williams przyjęła pracę w Café Society Downtown oraz stworzyła cotygodniowy program radiowy Mary Lou Williams's Piano Workshop w radiu WNEW. Zaczęła mentorować młodszym muzykom bebopowym i z nimi współpracować. Byli to m.in. Dizzy Gillespie i Thelonious Monk. W 1945 skomponowała hit bebopowy „In the Land of Oo-Bla-Dee” dla Gillespie. W tym okresie Monk z dziećmi przychodzili do mojego mieszkania każdego ranka około czwartej lub odbierali mnie z kawiarni po zakończeniu ostatniego koncertu.