Jego rola jako ukrytego stronnika luterańskiego ruchu spowodowała, że życie jego na katolickim zamku Hochburg w Moguncji stało się zagrożone. Dlatego też Capito w 1523 roku przeprowadził się do Strasburga.
Reformacja w Strasburgu W marcu 1523 roku powrócił Capito do Strasburga i podjął się jako prebendariusz stanowisko proboszcza w kościele św.Tomasza. Na początku jego pozycja była kwestionowana zarówno przez papistów, jak również przez luteran. Dopiero po rozmowie z ewangelickim kaznodzieją z katedry Matthäusem Zell latem 1523 roku wydaje się, że ostatecznie przeszedł na stronę Reformacji. W pewnym usprawiedliwieniu próbował on uzasadnić swoją postawę przed biskupem. W tym samym roku zaczął głosić kazania w kościele Saint-Pierre-le-Jeune. W jednym z kolejnych pism do biskupa opowiada się po stronie kaznodziejów, którzy zawarli małżeństwa i zostali ekskomunikowani przez biskupa (Appellation der eelichen Priester 1524).