Wieczyste śluby mnisze złożył 2 czerwca 1846 w monasterze Zwiastowania w Niżnym Nowogrodzie, przyjmując imię zakonne Makary. 9 czerwca tego samego roku został wyświęcony na hieromnicha. Od września 1846 wykładał w seminarium duchownym w Niżnym Nowogrodzie język hebrajski. Od 1849 należał do Cesarskiego Rosyjskiego Towarzystwa Geograficznego, zaś od 1850 był członkiem rzeczywistym Cesarskiego Rosyjskiego Towarzystwa Archeologicznego. Począwszy od 1848 publikował w Niżegorodskich gubiernskich wiedomostiach swoje artykuły poświęcone historii Cerkwi oraz archeologii regionu niżnonowogrodzkiego. W maju 1849 pracował w archiwach guberni nowogrodzkiej, analizując dokumenty i gramoty patriarsze, carskie i wielkoksiążęce. W 1851 wydał pracę pt. Istorija niżegorodskoj ierarchii, w której przedstawił biogramy biskupów Niżnego Nowogrodu od pierwszego z nich, Filareta, do Jakuba, zmarłego rok przed wydaniem pracy. Jego postaci Makary (Mirolubow) poświęcił osobną biografię wydaną w 1853 w Moskwie i w 1857 w Petersburgu. Inne teksty mnicha Makarego dotyczyły dziejów seminarium duchownego w Niżnym Nowogrodzie oraz monasteru Włodzimierskiej Ikony Matki Bożej w Orankach. Napisał także żywoty arcybiskupa niżnonowogrodzkiego Pitirima oraz mnicha Makarego Żółtowodzkiego.