Opieka wielkiego księcia Wasyla III, wielkiego czciciela św. Warłaama, nad monasterem, pozwoliła na jego rozkwit. Od 1532 na mocy gramoty Wasyla III prawo sądzenia ihumena monasteru miał tylko arcybiskup nowogrodzki (w sprawach duchownych) lub wielki książę (w sprawach świeckich), a sam monaster został zwolniony z opłat za korzystanie z warzelni soli w Russie. Wcześniej, w 1515, Wasyl III polecił wznieść nową cerkiew Przemienienia Pańskiego na miejscu głównej świątyni klasztornej zbudowanej jeszcze przez św. Warłaama. Wzorem dla świątyni stały się kremlowskie sobory Zaśnięcia Matki Bożej i Świętych Archaniołów. Prace budowlane wykonywali budowniczowie nowogrodzcy, moskiewscy rzeźbiarze wykonujący portale, pod kierunkiem włoskiego architekta (lub architektów). W XVI w. monaster posiadał znaczne majątki ziemskie;