otrzymywał ponadto dary pieniężne i rzeczowe od władców Rosji, członków rodziny panującej, biskupów prawosławnych i osób prywatnych. W 1646 sobór Przemienienia Pańskiego został rozbudowany o ołtarze boczne Opieki Matki Bożej oraz św. Jana Teologa. Kolejna cerkiew powstała w latach 1549–1551 na miejscu innej świątyni powstałej za życia twórcy klasztoru. Była to cerkiew św. Warłaama z dwoma ołtarzami bocznymi: Świętych Konstantyna i Heleny oraz św. Izydora. Świątynia ta łączyła się z budynkiem refektarza.
W czasie wielkiej smuty, w drugiej dekadzie XVII w., monaster został zajęty przez wojska szwedzkie, które urządziły w nim kwaterę główną dowództwa i rozgrabiły majątek ruchomy cerkwi klasztornych. W połowie stulecia klasztor był ponownie rozbudowywany. Według danych z 1723 w monasterze przebywało 58 mnichów i posłuszników, w 1738 – 20. Do monasteru należało ok. 5500 dusz chłopskich. Po sekularyzacji majątków Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego i wyznaczeniu państwowego uposażenia dla parafii i monasterów w 1764 monaster św. Warłaama Chutyńskiego został zaliczony do najwyższej, I klasy, co oznaczało finansowanie przez państwo 32 etatów mnichów, nie licząc etatu przełożonego. Zwyczajowo funkcję tę powierzano biskupowi pomocniczemu eparchii nowogrodzkiej.