Na podstawie informacji zebranych przez Piekarskiego 6 stycznia 1947 roku został on zlikwidowany przez patrol Wacława Górskiego ps. Oko.

Aresztowanie i śledztwo 7 kwietnia 1946 roku Piekarskiego aresztowano w mieszkaniu jego narzeczonej Władysławy Wojnowskiej we wsi Przerośl. Nie posiadał wtedy przy sobie broni. Pomimo że nie stawiał oporu, został ciężko pobity przez funkcjonariusza PUBP w Suwałkach, chor. Igora Burdzieja.

Podczas śledztwa prowadzonego przez PUBP w Suwałkach odmawiał złożenia zeznań obciążających osoby związane z konspiracją, biorąc na siebie całą odpowiedzialność za dokonywane akcje. Był dotkliwie bity. Rodzina przez długi czas przechowywała jego zakrwawioną bieliznę.

Wyrok i śmierć thumb|Budynek kina „Ton” w Białymstoku gdzie odbywał się proces Mariana Piekarskiego. Był sądzony przez Wojskowy Sąd Rejonowy w Białymstoku pod przewodnictwem majora Włodzimierza Ostapowicza – szefa WSR odpowiedzialnego za wydanie do 1955 roku ponad 200 wyroków śmierci (z czego wykonano 174). W pokazowym procesie prowadzonym w dniach 13 do 18 lipca 1946 roku w białostockim kinie „Ton” sądzono 24 żołnierzy Okręgu Białystok i Obwodu WiN Augustów-Suwałki.