Wśród widowni procesu znajdowały się siostra Irena i narzeczona Mariana – Władysława Wojnowska.
Piekarski został skazany 20 lipca na „karę łączną – karę śmierci z utratą praw publicznych i obywatelskich praw honorowych – na zawsze”. Piekarski wystosował prośbę o ułaskawienie do Bolesława Bieruta, jednak prezydent nie skorzystał z prawa łaski.
Wyrok został wykonany 11 września 1946 roku o godzinie 19:00 w więzieniu w Białymstoku. Przed śmiercią Marian Piekarski został wyspowiadany przez ks. Władysława Bodziaka (kapelana więziennego) i przyjął komunię świętą. Informację o tym przekazał ks. Bodziak w liście do rodziny z 17 września 1946 roku. Razem z Marianem Piekarskim zginęło pięciu innych skazanych (m.in. Aleksander Rybnik i Franciszek Sowulewski).
Miejsce pochowania ciała nie jest znane.
29 czerwca 1992 roku postanowieniem Sądu Wojewódzkiego w Białymstoku wyrok WSR z 20 lipca 1946 roku został uznany za nieważny.