Ranking zespołów z drugich miejsc Dwa z ośmiu zespołów z drugich miejsc w swoich grupach eliminacyjnych również awansowały do 1/16 finału. Bilansu dokonano na podstawie spotkań z zespołami z pierwszego i trzeciego miejsca w swojej grupie (nie był więc pod uwagę brany mecz z najsłabszym przeciwnikiem). Awans uzyskały PK-35 Vantaa i ŽFK Spartak Subotica. GrupaKlubMPkt.MeczeBramkizwy.rem.por.zdob.stra.3 PK-35 Vantaa 2 4 1 1 0 4 28 ŽFK Spartak Subotica 2 3 1 0 1 7 24 SU 1° Dezembro 2 3 1 0 1 5 47 Peamount United 2 3 1 0 1 5 46 ŽNK Pomurje 2 3 1 0 1 4 41 PAOK Saloniki 2 3 1 0 1 1 25 Żytłobud-1 Charków 2 3 1 0 1 2 42 Slovan Bratysława 2 3 1 0 1 3 7
1/16 finału Do 1/16 finału przystąpiło 10 zespołów wyłonionych w fazie wstępnej oraz 22 zespoły z 14 najwyżej notowanych lig (mistrz każdej z nich oraz zespoły z drugich miejsc z pierwszych ośmiu najwyżej notowanych lig). Losowanie par 1/16 finału odbyło się 23 sierpnia 2012 roku. Przy okazji tego losowania ustalone zostały również pary 1/8 finału.