Lekarze leczyli ją dziwacznymi metodami, jak inhalacje ze świeżych krowich odchodów i palenie kadzidełek na jej piersiach. Ze względu na ryzyko zakażenia, widywała się z mężem tylko rzadko i na odległość. Latem 1847 r. pojechała na leczenie do Badenweiler. W drodze powrotnej zmarła w Hotelu Post w Freudenstadt 1 września 1847 r.
Eugenia została pochowana w krypcie pod głównym ołtarzem w kolegiacie w Hechingen. Jej serce, które na życzenie jej matki przechowywane było w urnie w kaplicy pałacu Leuchtenberg, od 1952 znajduje się w niszy przy prawym wejściu na chór kolegiaty w Hechingen. W swoim testamencie przekazała Eugenia znaczną część majątku, wynoszącego 850 000 guldenów na cele dobroczynne. Z tego dla swoich kochanych mieszkańców Hechingen przeznaczyła na cele socjalne 273 000 guldenówPorównaj Carola Nathan, Eugenia miała blask, w: Monumente online, styczeń 2005.
Bibliografia Anton-Heinrich Buckenmaier, Michael Hakenmüller: Friedrich-Wilhelm Constantin. Der letzte Fürst. Hechingen: Glückler, 2005. Ulrich Feldhahn, Stefan Schmidt-Lawrenz, Otto Werner: Fürstin Eugenie von Hohenzollern-Hechingen.