Był też członkiem deputacji wysłanej w kwietniu 1848 do Wiednia z dokumentem „Protestacja mieszkańców Krakowa wskutek doznanych gwałtów i nadużyć od władz cywilnych i wojskowych…” Dokument przygotowano po zbombardowaniu Krakowa przez Austriaków 26 kwietnia 1848 roku. W skład delegacji wchodzili – poza Janem Rzesińskim – Stefan Potocki i Antoni Zygmunt Helcel. Otrzymano zapewnienie, że zostanie powołana specjalna komisja rządowa, do czego jednak nie doszło.
Od jesieni 1848 Jan Kanty Rzesiński wykładał, jako zastępca profesora, w Katedrze Prawa natury i kryminalnego (nadal prowadząc własną kancelarię). W roku 1850 został profesorem zwyczajnym filozofii prawa oraz rozpoczął pracę w komisji przygotowującej statut gminny Krakowa. Mimo intensywnej germanizacji Wydziału Prawa, otrzymał osobiste zezwolenie na prowadzenie wykładów w języku polskim. Po czterech latach otrzymał katedrę prawa francuskiego i dawnego prawa cywilnego – jedyną na Wydziale katedrę z polskim językiem wykładowym.
Był członkiem Krakowskiego Towarzystwa Naukowego od 31 grudnia 1847 roku i członkiem Komitetu wydziału akademickiego umiejętności moralnych od 4 listopada 1848 roku.