Wzrost temperatury w rejonie chemokliny nie jest wynikiem ogrzewania promieniami słonecznymi, ale wpływem gorących wód podziemnych, które mają mniejszą gęstość niż słone wody przydenne jeziora, i w związku z tym są wypychane bardziej ku powierzchni. pH wody: 8,1–8,5 przy powierzchni, 6–6,5 nad dnem. Stężenie soli w wodzie: od 1,4 g/L (ok. 0,3 promila) tuż pod lodem do 407,3 g/L (ok. 360 promili – ponad 11 razy większe niż w wodzie morskiej) przy dnie. Chlorki sodu i magnezu stanowią 96% rozpuszczonych soli. Analiza stosunków jonów soli rozpuszczonych w wodzie wskazuje na to, że jezioro powstało w wyniku zalania niecki wodą morską, prawdopodobnie we wczesnym pliocenie), która po obniżeniu poziomu morza była wskutek odparowywania i sublimacji oraz wpływu geotermalnych solanek coraz bardziej zasolona. Obydwa baseny jeziora różnią się od siebie nieco pod względem właściwości fizyczno-chemicznych wodyAngino E. Ernest, Armitage B. Kenneth, Tash C. Jerry. 1964. Physicochemical limnology of Lake Boney, Antarctica. Limnology & Oceanography 9(2): 207–218..