Jezioro jest przez cały rok pokryte lodem, miąższość pokrywy lodowej waha się sezonowo (w latach 2012–2016: od 2,9 m do 3,4 m). Prognozy sugerują, że w przyszłości (za jedną do czterech dekad) pokrywa lodowa jeziora nie będzie utrzymywać się przez cały rok, tylko będzie sezonowo zanikaćObryk, Maciej K., Peter T. Doran, and John C. Priscu. 2019, "Prediction of ice‐free conditions for a perennially ice‐covered Antarctic lake." Journal of Geophysical Research: Earth Surface 124: 686–694..
Biocenoza W miksolimnionie pod powierzchnią lodu występują pelagiczne psychrofilne glony z gatunku Chlamydomonas raudensis Ettl, oprócz nich liczne są bakterie z grup Bacteriodetes i ProteobacteriaGlatz RE, Lepp PW, Ward BB, Francis CA. 2006. Planktonic microbial community composition across steep physical/chemical gradients in permanently ice-covered Lake Bonney, Antarctica. Geobiology 4: 53–67.. Osady denne jeziora są zasiedlone przez bakterie i archeany, tworzące miejscami gęste maty. Analizy rdzeni z odwiertów w dnie jeziora wykazały, że w przeszłości maty te były cyklicznie zasypywane przez materiał skalny, po czym organizmy ponownie rekolonizowały osadyChao Tang, Michael T. Madigan and Brian Lanoil. 2013. Bacterial and Archaeal Diversity in Sediments of West Lake Bonney, McMurdo Dry Valleys, Antarctica. Appl Environ Microbiol.