Szpital w dniu otwarcia liczył 100 łóżek i posiadał oddziały: wewnętrzny z pododdziałem gruźliczym, chirurgiczny, skórno-weneryczny z ambulatoriami, ponadto ambulatoria dentystyczne i okulistyczne oraz aptekę. Wyposażony w centralne ogrzewanie, elektryczne oświetlenie złożone ze 130 lamp żarowych, wentylację, zimną i ciepłą wodę oraz specjalistyczną aparaturę medyczną był jednym z najnowocześniejszych szpitali Galicji. Wysoki poziom wyposażenia szpitala został nagrodzony w 1907 roku, podczas X Zjazdu Lekarzy i Przyrodników Polskich złotym medalem „za wzorowe urządzenie”.
W 1913 r. bonifratrzy zakupili 36-hektarowy majątek ziemski w Konarach, który miał stać się zapleczem aprowizacyjnym dla krakowskiego szpitala, a zarazem – ze względu na walory klimatyczne – domem dla rekonwalescentów i pensjonatem dla starszych samotnych osób z inteligencji.
Odzyskanie przez Polskę niepodległości w 1918 roku i odrodzenie się w 1922 roku Prowincji Polskiej Zakonu Bonifratrów zaowocowało rozbudową budynku, uzupełnianiem wyposażenia o nowoczesną aparaturę medyczną, zatrudnianiem najlepszych lekarzy stosujących nowe metody leczenia. 15 lipca 1924 otwarto nowy oddział szpitalny obejmujący choroby uszu, nosa i gardła.