Po wybuchu II wojny światowej przez wszystkie lata niemieckiej okupacji Szpital pozostawał w rękach braci. Znaleźli w nim zatrudnienie wybitni lekarze zwalniani z przejętych przez Niemców krakowskich klinik. Bonifratrzy zapewniali też schronienie i pomoc medyczną osobom poszukiwanym przez gestapo, współpracowali z ruchem oporu, ukrywali ludzi podziemia, nierzadko ryzykując własnym życiem.
1 stycznia 1949 roku decyzją nowych władz Szpital został upaństwowiony, a w październiku 1950 roku przeszedł całkowicie pod zarząd Miasta Krakowa. Braciom zakazano wstępu na teren Szpitala, czego dobitnym wyrazem stało się zamurowanie przejścia łączącego go z Konwentem. Szpital otrzymał imię Edmunda Biernackiego, patologa i neurologa, filozofa medycyny.
Upadek komunizmu i powstanie III Rzeczypospolitej zainicjowały starania Bonifratrów o odzyskanie Szpitala. Na mocy porozumienia z wojewodą krakowskim 1 stycznia 1997 r. Szpital wrócił do Zakonu. Tym samym stał się pierwszym niepaństwowym szpitalem w Polsce, pw. św.