Wkrótce potem (prawdopodobnie w 1566) prawo nominacji inkwizytorów Belluno przejęła Kongregacja Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji.
W drugiej połowie XVI wieku inkwizytorzy Belluno blisko współpracowali z trzema kolejnymi biskupami BellunoGiulio Contarini (1542-1575), Giovanni Battista Valier (1575-1596), Alvise Lollino (1596-1625) w zwalczaniu herezji protestanckich, m.in. towarzyszyli im podczas licznych wizytacji duszpasterskich. Od końca XVI wieku inkwizytorom Belluno podlegała także diecezja Feltre.
Republika Wenecka przestała istnieć w wyniku inwazji rewolucyjnej Francji w 1797. Po pokoju w Campo Formio (17 października 1797) Belluno znalazło się w granicach Austrii. Kilka lat później, w wyniku kolejnej wojny francusko-austriackiej, zostało włączone do utworzonego przez Napoleona Bonaparte Królestwa Włoch, którego władze nie zamierzały tolerować dłużej działalności inkwizycji. Dekretem z dnia 28 lipca 1806 konwent S. Pietro w Belluno został rozwiązany, co oznaczało jednocześnie także likwidację trybunału inkwizycyjnegoDel Col, s. 735-736;