O pomoc w walce o wolność Polski modlił się także generał Tadeusz Kościuszko w dniu pamiętnej przysięgi na rynku krakowskim 24 marca 1794, przybywszy tu wieczorem, pragnąc odwiedzić znajomą zakonnicę – przełożoną Magdalenę Prastellankę, znaną krakowską opiekunkę sierot. Na przestrzeni wieków przed ołtarzem z wizerunkiem Matki Bożej Świętojańskiej modlono się w czasach rozbiorów i obu wojen światowych. Częstym gościem był biskup krakowski Karol Wojtyła, późniejszy papież i święty. Było to jego ulubione miejsce, do którego często powracał i się odwoływał.
Obraz ofiarowany do kościoła św. Jana był początkowo umieszczony przy bocznym filarze, a gdy zasłynął w 1633 łaskami, został 9 kwietnia 1639 przeniesiony do głównego ołtarza. Kultem Matki Bożej Świętojańskiej zajmowali się księża z kościoła Mariackiego, na terenie, którego położony jest kościół św. Jana. Od 1726 rozwojem nabożeństwa do Matki Bożej od Wykupu Niewolników zajmują się siostry prezentki, którym kościół został przekazany przez ówczesnego biskupa krakowskiego Konstantego Felicjana Szaniawskiego. Od tego czasu kult Matki Bożej Świętojańskiej stał się częścią charyzmatu zgromadzenia założonego przez bł. Zofię Czeską.