W międzyczasie, w 1569 Kongregacja Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji przejęła od władz zakonu franciszkanów konwentualnych prawo mianowania inkwizytorów Akwilei. Pierwszym inkwizytorem mianowanym przez Kongregację był Giulio Colomberto, który już od 1566 sprawował tę funkcję z nominacji władz zakonnych. Kilka lat później, w czerwcu 1574, Kongregacja połączyła diecezje Akwilei i Concordii pod jurysdykcją trybunału z siedzibą w Udine w diecezji Akwilei.
Inkwizycja w diecezji Concordii Diecezja Concordii również podlegała w średniowieczu inkwizytorom Marchii Trewizańskiej. W listopadzie 1557 inkwizytor generalny Wenecji, Felice Peretti de Montalto, mianował franciszkanina Francesco Pinzino, swoim wikariuszem w tej diecezji. Dwa lata później został jednak utworzony oddzielny trybunał dla diecezji Concordii z siedzibą w stolicy diecezji Portogruaro. Do czerwca 1574 funkcje inkwizytorów Concordii sprawowało kolejno trzech zakonników franciszkańskich.