Po obaleniu thumb|right|200px|Ilustracja tortur Wilhelma III z XV-wiecznej edycji De Casibus Virorum Illustrium Giovanniego Boccaccia (przedstawienie to nieadekwatnie oddaje wiek króla). Niespodziewanie cesarz zaproponował Wilhelmowi hrabstwo Lecce, które posiadał jego ojciec jeszcze zanim został królem, i księstwa Tarentu w zamian za zrzeczenie się roszczeń do korony. Regentka działając w imieniu syna przyjęła to żądanie. W Boże Narodzenie Henryk VI został ukoronowany na władcę Neapolu i Sycylii (jego żona zajmowała się wówczas nowo narodzonym Fryderykiem i nie została koronowana). 4 dni później cesarz miał wykryć spisek przeciw jego władzy, w którym mieli uczestniczyć możni, a także obalony władca (nie jest jasne, czy to prawda). Podejrzani zostali aresztowani.
Wśród ujętych znalazł się Wilhelm i jego rodzina. Jego matka i siostry po śmierci Henryka VI na skutek interwencji Innocentego III w większości trafiły do Francji, gdzie zmarły w biedzie. Samego Wilhelma spotkał jednak okrutniejszy los. Część źródeł wskazuje, że został oślepiony i wykastrowany, aby nie mógł powrócić na tron (co było przyjętą praktyką z Bizancjum, które panowało nad tymi terenami wcześniej). Mógł później zostać wzięty do niewoli w Niemczech, gdzie zmarł w 1198 roku (na co wskazują listy Celestyna III) lub zostać mnichem.