W 1839 r. Honduras wystąpił ze Zjednoczonych Prowincji Ameryki Środkowej, a jego pierwszym prezydentem został Juan Francisco de Molina. Początkowo kolejni prezydenci sprawowali swą władzę jedynie tymczasowo, zazwyczaj tylko przez kilka miesięcy lub - jak w przypadku José María Bustillo - kilka dni. Od września 1839 do stycznia 1842 władzę sprawował - również tymczasowo - Francisco Zelaya y Ayes. Później powołano pierwszego prezydenta wyłonionego w wyborach. Był nim Francisco Ferrera. Jego rządy trwały dwa lata, po czym naprzemiennie sam tytułował się prezydentem lub pozwalał rządowi obrać innego - tymczasowego - prezydenta, podczas gdy on sam wywierał wpływ na władzę jako minister wojny. W 1847 roku, na krótko po reelekcji, Ferrera ustąpił ze stanowiska na rzecz Juana Lindo.
Po rządach Lindo władza w Hondurasie przeszła w ręce liberałów, a prezydentem został José Trinidad Cabañas. W 1855 r. na ziemie Hondurasu wkroczyły siły Gwatemali i zainstalowały na stanowisku głowy państwa konserwatystę José Santosa Guardiolę. W 1862 r., po sześciu latach prezydentury, Guardiola został zamordowany przez członków własnej gwardii honorowej. Wydarzenie to stało się początkiem długotrwałego kryzysu politycznego w Hondurasie, podczas którego władza przechodziła z rąk do rąk kilkanaście razy.