Duże wpływy uzyskał wówczas generał José María Medina, będący na przestrzeni lat 1862-1876 prezydentem lub dyktatorem jedenaście razy. thumb|230px|Francisco Bertrand, prezydent w latach 1911-12 i 1913-19 thumb|230px|Manuel Zelaya, prezydent w latach 2006-09 W 1876 r. interwencja sił Gwatemali pozbawiła Medinę sprawowanego stanowiska, a konserwatystów odrzuciła od władzy. Nowym prezydentem został Marco Aurelio Soto, liberał i autor zakrojonych na szerszą skalę reform finansowych, administracyjnych oraz edukacyjnych. W 1883 r. Soto został zmuszony do ustąpienia stanowiska, a na nową głowę państwa powołano konserwatystę, generała Luisa Bográna. W 1891 r. podczas zmanipulowanych wyborów prezydenckich zwyciężył Ponciano Leiva, który pojawił się już na tym stanowisku w czasie kryzysu lat 1862-1876. Próbował on wprowadzić do kraju dyktaturę, stosując w tym celu między innymi prześladowania wśród członków Partii Liberalnej Hondurasu. Działania te doprowadziły do konfliktu domowego z liberałami, wspieranymi przez siły dyktatora Nikaragui, José Santosa Zelaya. W 1894 r. władzę objął przywódca liberałów, Policarpo Bonilla.