Każdy pacjent biorący udział w badaniu naprzemiennym otrzymuje dwie różne terapie, podczas gdy w badaniu równoległym jest to zwykle albo terapia, albo placebo. Z tego względu akceptowalność badania wśród potencjalnych uczestników może być wyższa, co przekłada się na łatwiejszą rekrutację.
Badanie w układzie naprzemiennym jest statystycznie bardziej wydajne, gdyż wymaga mniejszej liczby uczestników w porównaniu do układu równoległego. Jest to szczególnie przydatne w przypadku mniej rozpowszechnionych chorób lub gdy termin zakończenia badania jest istotny.
Ograniczenia Badania te są często wykonywane w celu poprawy objawów u cierpiących na przewlekłe choroby. Stosując układ naprzemienny w badaniu zakładamy, że choroba ma stabilne, chroniczne objawy, które nie ulegną zmianie między pierwszym a drugim okresem leczenia. Niemożliwe lub nieetyczne jest stosowanie tego typu badania w przypadku, gdy celem jest zbadanie trendów umieralności czy śmiertelności lub gdy choroba wywołuje u pacjenta gwałtowne zmiany. Z tych powodów układ naprzemienny nadaje się do badań krótkoterminowych.