31 marca 1941 znalazł się w gronie sygnatariuszy deklaracji, w której Ustasze domagali się powstania niezależnego państwa chorwackiego.
Niezależne Państwo Chorwackie Po zajęciu terytorium Chorwacji przez Niemcy Lorković znalazł się w gronie osób tworzących pierwsze chorwackie struktury władzy, współpracujące z Niemcami. 16 kwietnia 1941 został mianowany sekretarzem ministerstwa spraw zagranicznych, którym kierował osobiście Ante Pavelić. Do 1943 był także łącznikiem pomiędzy rządem Pavelicia, a Edmundem Glaise von Horstenau, przedstawicielem Niemiec w NDH. 9 czerwca 1941 zastąpił Pavelicia na stanowisku ministra spraw zagranicznych.
W przemówieniu wygłoszonym 27 lipca 1941 Lorković przedstawiał własną wizję historii Jugosławii, twierdząc, że w okresie międzywojennym Serbowie prześladowali i mordowali tysiące chorwackich chłopów. Był przeciwnikiem ingerencji Włochów w sprawy wewnętrzne NDH. Włosi próbowali skompromitować Lorkovicia w oczach Niemców twierdząc, że udzielał pomocy chorwackim komunistom, z którymi utrzymywał regularne kontakty.