23 kwietnia Lorković został usunięty ze stanowiska po dymisji rządu Ivo Kolaka. Nadal jednak pozostał bliskim współpracownikiem gen. Edmunda Glaise von Horstenau i pośredniczył w kontaktach z Niemcami. W tym czasie prowadził rozmowy z Chorwacką Partią Chłopską, planując stworzyć nowy rząd bez Pavelicia. Zanim doszło do realizacji porozumienia, Pavelić powołał nowy rząd z Nikolą Mandiciem na czele.
W październiku 1943 Lorković objął tekę ministra spraw wewnętrznych, a w kwietniu 1944 powrócił na stanowisko ministra spraw zagranicznych. Wkrótce potem na stanowisku MSZ zastąpił go Mehmed Alajbegović. Zdając sobie sprawę z nieuchronnej klęski III Rzeszy, w maju 1944 Lorković ponownie podjął negocjacje z politykami Chorwackiej Partii Chłopskiej, a także szukał kontaktów z Brytyjczykami i Amerykanami. Wspólnie z Ante Vokiciem opracował plan zerwania z Niemcami i przystąpienia do współpracy z Aliantami.
30 sierpnia 1944 w czasie posiedzenia rządu, które odbywało się w willi Pavelicia, Lorković został oskarżony o spisek i umieszczony w areszcie domowym.