Właściwa klasyfikacja gatunku wymaga badań DNA.
Niemiecki ornitolog i odkrywca Johann Wilhelm von Müller wydzielił wróbla krótkopalcowego do osobnego rodzaju Carpospiza. Swoje spostrzeżenia zamieścił w dziele Description de nouveaux oiseaux d'Afrique découverts et dessinés d’après nature, o którym informacje ukazywały się w częściach na łamach „Journal für Ornithologie”. Do opisu załączona była tablica barwna oznaczona numerem 10. Autor nadał gatunkowi nazwę Carpospiza longipennis. Obecnie (2025) Międzynarodowy Komitet Ornitologiczny umieszcza wróbla krótkopalcowego w monotypowym rodzaju Carpospiza.
Gatunek monotypowy. Anton Reichenow w 1916 opisał nowy podgatunek Carpospiza brachydactyla psammochroa. Jako typowe miejsce występowania podał Sarhad w irańskiej części dawnego Beludżystanu. Ptaki tego podgatunku miały być jaśniejsze i większe od ptaków podgatunku nominatywnego. Ptak zbadany przez Reichenowa był niewątpliwie dużym okazem (długość skrzydła 98 mm), jednakże takowe zdarzają się w dowolnym miejscu zasięgu, a jasna barwa upierzenia mogła wynikać z młodego wieku ptaka, który dopiero co opierzył się.