Książę Joachim Ernst nie przyjął Formuły zgody z roku 1577, zamiast tego w roku 1585 ogłosił inne wyznanie wiary. W 1589 roku jego następca, książę Johann Georg I, zażądał zaprzestania sprawowania egzorcyzmu podczas chrztu. Arndt odmówił i wzbraniał się przed uznaniem nowego wyznania. 10 września 1590 Arndt wydał w tej sprawie stosowne oświadczenie. Niedługo później został z tego powodu pozbawiony urzędu i wygnany z kraju. Arndt właściwie przypuszczał, że poczynania księcia są wstępem do przyjęcia kalwinizmu przez księstwo Anhaltu, co dokonało się w roku 1596. W 1590 roku Arndt podjął posługę w Quedlinburgu, gdzie pozostał do roku 1599. Następnie sprawował posługę w Brunszwiku (do 1609 roku), w Eisleben, a w latach 1611–1621 sprawował urząd superintendenta generalnego w Celle.
W swym nauczaniu inspirował się mistyczną i budującą literaturą średniowiecza taką jak Teologia niemiecka albo pisma Bernarda z Clairvaux, Tomasza à Kempis czy Jana Taulera. Na tej podstawie napisał on Cztery księgi o prawdziwym chrześcijaństwie, które wraz z jego Rajskim ogródkiem należały do najbardziej rozpowszechnionych dzieł chrześcijańskiej literatury pobożnościowej.