W 1658 roku Emanuel Filibert został promowany do stopnia generała-porucznika, przez swego kuzyna Karola Emanuela II, księcia Sabaudii, a w 1663 r., w związku z nieobecnością tego ostatniego, został mianowany gubernatorem miasta Asti. Kiedy Karol Emanuel zmarł w 1675 roku, jego syn i następca, Wiktor Amadeusz miał zaledwie dziewięć lat, i Emmanuel Filibert stał się dziedzicem Sabaudii do czasu gdy Wiktor Amadeusz będzie miał męskiego potomka (co się nie stało, aż do 1699).

Wielki znawca architektury, Emanuel Filibert polecił zbudować Pałac Carignano w Turynie, powstały w latach 1679 - 1684. Zlecił też poważny remont w zamku Racconigi. Guarino Guarini przebudował starą rezydencję, projekt parku powierzono Andrzej Notre , który założył wspaniałe francuskie ogrody.

W listopadzie 1701, reprezentował Filipa V Hiszpańskiego przy zawieraniu małżeństwa per-procura Filipa V i jego kuzynki Marii Ludwiki Sabaudzkiej. Był także ojcem chrzestnym dla siostry Marii Ludwiki, księżniczki Marii Adelajdy, matki Ludwika XV.

Emanuel Filibert zmarł w Turynie 21 kwietnia 1709 roku.