W 1836 roku jego szczątki zostały sprowadzone do kościoła Świętgo Michała z Chiusa w tym mieście.
Małżeństwo i potomstwo lewo|mały|272x272px|Maria Angelika Katarzyna, obraz namalowany przez naśladowcę Rigauda. W dniu 10 stycznia 1684 w zamku Racconigi, Emanuel Filibert, po pięćdziesiątce, ożenił się z Marią Angeliką Katarzyną d'Este, piękną córka zmarłego generała Borso d' Este, członka rodziny księcia Modeny, i Hipolity d'Este, siostrzenicy Borso. Temy związkowi był przeciwny Ludwika XIV Francuski, który chciał aby Emanuel Filibert poślubił francuską księżniczkę, biorąc pod uwagę jego pozycję, jako dziedzica księstwa Sabaudii (Maria Teresa Burbon lub jedna z jej sióstr, zostały zaproponowane jako ewentualne panny młode, jak że Ludwik XIV nie miał córek pochodzących z małżeństwa).
W 1685 roku, po wstawiennictwie Wiktora Amadeusza II, Emanuel Filibert otrzymał pozwolenie od Ludwika XIV, aby powrócić do Turyn.