Po dołączeniu do jednej z drużyn gracz może przejmować sale nienależące do jego drużyny.
We wrześniu 2016 wprowadzono funkcję „Buddy Pokémon” pozwalającą na wybranie jednego pokémona pojawiającego się obok postaci na ekranie profilu, który po przebyciu odpowiedniego dystansu zdobywa dodatkowe cukierki. W tej samej aktualizacji uniemożliwiono logowanie się do gry na urządzeniach ze zrootowanym Androidem i na iOS z jailbreakiem.
W czerwcu 2017 firma Niantic ogłosiła, że system sal zostanie przebudowany, aby nastawić graczy na grę zespołową. Stare sale zostały wyłączone, a nowe zostały dodane wraz z następną aktualizacją. W nowych salach dodano możliwość zbierania przedmiotów podobnie jak w pokéstopach oraz ograniczono ilość pokémonów, które mogą przebywać w sali z 10 do 6. Pokécoins są teraz uzyskiwane w oparciu o czas, jaki dany pokémon spędził w sali. W lipcu 2017 wprowadzono bitwy rajdowe w salach. W bitwie może wziąć udział jednorazowo do 20 graczy na pięciu poziomach trudności. Na piątym poziomie gracze mierzą się z „legendarnym pokémonem”, który nie pojawia się jako dziki pokémon na mapie.