Do innych zalet immobilizacji w porównaniu z procesami wykorzystującymi wolne komórki należy: możliwość prowadzenia hodowli o dużej gęstości komórek (wyższa produktywność) lepsze wykorzystanie substratu (wyższa wydajność) ograniczenie ryzyka zakażenia mikrobiologicznego większa odporność mikroorganizmów na zmiany warunków otoczenia jak pH, temperatura, obecność toksyn, wahania stężenia substancji pokarmowych ochrona przed stresem wywołanym mieszaniem mechanicznym lub napowietrzaniem stabilność i intensyfikacja procesów biochemicznych pozwalająca na długotrwałe użycie biokatalizatora, a przez to zmniejszenie pracochłonności i kosztów.
W porównaniu z unieruchomionymi enzymami nie wymagają kosztownego oczyszczania enzymów i ich izolacji. Ponadto niektóre enzymy mogą wykazywać mniejszą aktywność, gdy nie są związane ze strukturami komórkowymi.
Do wad komórek immobilizowanych należą: możliwość degeneracji szczepu przez długotrwałe wykorzystywanie tych samych komórek nie zawsze efektywna dyfuzja produktów i substratów możliwe wymywanie komórek z nośnika.