Dobór komórek Dobór odpowiednich komórek do unieruchomienia w celu produkcji odpowiednich ilości pożądanego enzymu i sprawnej biotransformacji wymaga znajomości mechanizmów sterowania w nich jego syntezą i aktywnością. Szczepy przeznaczone do unieruchomienia mogą być uprzednio doskonalone lub poddane manipulacjom genetycznym. Istotne są odpowiednio dobrane warunki hodowli.
Metody immobilizacji komórek Zazwyczaj wyróżnia się unieruchamianie bez nośnika, unieruchamianie na powierzchni nośnika oraz unieruchamianie wewnątrz nośnika.
Unieruchamianie bez nośnika Unieruchamianie bez nośnika może polegać na samoagregacji lub indukowanej flokulacji. Samoagregacja polega na wydzielaniu związków, które umożliwiają komórkom wzrost w postaci granulek lub kłaczków. Jeśli manipuluje się różnymi czynnikami wpływającymi na tworzenie takich skupisk (pH, temperatura, dodawanie polielektrolitów), to jest to tzw. indukowana flokulacja. Dodatkowo komórki mogą wykazywać sieciowanie przestrzenne, co zwiększa trwałość, ale może zmniejszać aktywność komórek i utrudniać dostęp substratów.