II wojna światowa W sierpniu 1939 został przyjęty do RAFVR i zaczął szkolenie Stapleford Tawney na samolocie de Havilland Tiger Moth, w maju 1940 dołączył do 7 Operational Training Unit w Hawarden w Walii, gdzie szkolił się na dwusterze Miles Master. Od 19 do 28 sierpnia latał Spitfirem ćwicząc loty w formacji, akrobację i walkę kołową. Po szkoleniu i wylataniu 205 godzin w tym 23 na Spitfirze otrzymał przydział do 19 dywizjonu w stopniu podporucznika (pilot officer). Ze względu na braki w sprzęcie został przeniesiony do 616 dywizjonu. Stara kontuzja dawała znać o sobie i sprawiała Johnsonowi ból podczas akrobacji. Miał wybór między operacją a przeniesieniem na stanowisko instruktora. Wybrał operację. Do dywizjonu wrócił dopiero 28 grudnia 1940. Na początku 1941 często latał w towarzystwie asów Douglasa Badera oraz Australijczyka Tonyego Gaze'a. 15 stycznia z podporucznikiem Dundasem uszkodził Do 17, a 22 lutego Me 110. Swoje pierwsze zwycięstwo odniósł 26 czerwca 1941]zestrzeliwując Bf 109 niedaleko Gravelines. Między 6 lipca a 9 sierpnia strącił kolejne 3 messerschmitty. 4 września awansował na kapitana (flight lieutenant) oraz otrzymał Distinguished Flying Cross. 21 września zapisał na swoje konto 2 Bf 109, odnosząc piąte i szóste zwycięstwo dające symboliczny tytuł asa.