10 lipca 1942 został awansowany do stopnia majora (squadron leader) i otrzymał dowództwo 610 dywizjonu. Po świętach Bożego Narodzenia został dowódcą 127 skrzydła RCAF (Royal Canadian Air Force) stacjonującego w Kenley i wyposażonego w Spitfiry IX. Zadaniem jego nowej jednostki było eskortowanie amerykańskich bombowców nad Francją.
Po Lądowaniu w Normandii skrzydło Johnsona zostało jako pierwsze przeniesione do Francji. 23 sierpnia 1944 zestrzelił 2 Fw 190 (32 i 33 zwycięstwo) bijąc jednocześnie rekord południowoafrykańskiego asa Adolpha Malana. We wrześniu Johnson na czele swojego skrzydła bierze udział w Operacji Market Garden, 27 września odniósł swoje ostatnie zwycięstwo, strącił nad Nijmegen Bf 109. Skrzydło rzadko napotykało wrogie samoloty. Ostatnią zmasowaną akcją Luftwaffe była operacja Bodenplatte. Johnson był świadkiem niemieckiego ataku na swoją bazę Melsbroek pod Brukselą, stwierdził, że Niemcy wyglądali na niedoświadczonych i strzelali „okropnie”. 26 marca został podpułkownikiem (wing commander), kilka dni później objął dowództwo 125 skrzydła.