W 1633 Johnson opublikował swoje najważniejsze dzieło, The Herball, ... zebrane przez Johna Gerarde'a, ... bardzo rozbudowane i zmienione przez Thomasa Johnsona, obywatela i aptekarza w Londynie. Tak wielki był postęp botaniki w ciągu trzydziestu sześciu lat od pierwotnej publikacji Johna Gerarda (1597), że Johnson dodał do listy ponad osiemset nowych gatunków i siedemset cyfr, oprócz licznych poprawek. Dzieło, które zawiera około 2850 opisów, jest powszechnie znane pod nazwą "Gerard emaculatus", nadane mu przez Raya. Johnson wydaje się jednak, że ukończył go w ciągu roku. Został przedrukowany w 1636 r. Bez zmian. Haller style to "dignum opus, et totius rei herbariæ eo ævo notæ compendium".
W 1634 Johnson opublikował Mercurius Botanicus; sive Plantarum gratia suscepti itineris, anno 1634, descriptio, opis na siedemdziesięciu ośmiu stronach dwunastodniowej wycieczki do Oxfordu, Bath, Bristolu, Southampton i Isle of Wight, z angielskimi i łacińskimi nazwami obserwowanych roślin. Do tego dodano De Thermis Bathonicis ... Tractatus, s. 19, z planami kąpieli. W 1641 roku wydał Bot Merkurego. pars altera, opisujące wizytę w Walii i Snowdon oraz odkrycie wielu nowych roślin.