W 1643 opublikował przekład dzieł chirurgicznych Ambroise Paré z języka francuskiego, który został przedrukowany w 1678 roku.
Dziedzictwo Wood mówi o nim, że jest "najlepszym zielarzem w jego wieku w Anglii" i "nie mniej dostojnym w garnizonie ze względu na jego męstwo i postępowanie jako żołnierz". Niewielkie dzieła botaniczne Johnsona, które stały się bardzo rzadkie, zostały zebrane i zredagowane przez T. S. Ralpha w 1847 roku pod tytułem Opuscula omnia botanica Thomæ Johnsoni.
Publikacje Herball Johna Gerarda, czyli ogólna historia roślin opublikowana po raz pierwszy w 1597 r. Został powiększony przez Thomasa Johnsona i opublikowany w 1633 r. I ponownie w 1636 r. Zawierał on listę walijskich nazw roślin dostarczonych przez Roberta Daviesa. "Londyn: Drukowane przez Adama Islipa, Joice Nortona i Richarda Whitakersa, anno 1636." Wydanie 1633 zostało wydane w faksymile przez Dover, Nowy Jork, w 1975 roku: "Kompletna edycja 1633, poprawiona i powiększona przez Thomasa Johnsona." Przedruk tekstu drukowanego przez A. Islipa, J. Nortona i R. Whitakera, Londyn, pod tytułem, The herball, lub Generall history of plantes". Thomas Shearman Ralph zredagował traktaty Johnsona z tytułem Opuscula omnia botanica Thomae Johnsoni (Londini: Sumptibus Guliel, Pamplin, 1847): - Iter plantarum investigis ergo susceptum in agrum cantianum.