Opór stawiany przez polską partyzantkę w połączeniu z trudną sytuacją wojsk niemieckich na froncie wschodnim zmusiły okupantów do przejściowego wstrzymania wysiedleń.
Przebieg pacyfikacji Pod koniec czerwca 1943 roku Niemcy wznowili operację wysiedleńczą; objęła ona w szczególności wsie w powiecie biłgorajskim. Wypędzaniu polskiej ludności towarzyszyły zakrojone na szeroką skalę akcje pacyfikacyjne i antypartyzanckie. Tego lata w ramach tzw. akcji Werwolf okupanci przeprowadzili egzekucje w 163 zamojskich wsiach, mordując około 1000 Polaków.
24 czerwca Majdan Nowy został otoczony przez oddziały SS wspierane przez ukraińskich kolaborantów. Niemcy całkowicie zablokowali dostęp do wsi, zabraniając zarówno jej opuszczania, jak i wchodzenia na jej teren. Spowodowało to wybuch paniki. Mieszkańcy zaczęli wynosić dobytek z gospodarstw, spodziewając się rychłego wysiedlenia. Wkrótce między zabudowaniami zaczął krążyć samochód pancerny, który prowadził rozpoznanie.