Mayer polecił miejscowym Niemcom, aby po „zlikwidowaniu bandytów” udali się furami do Skałki i zabrali z tamtejszych gospodarstw całe mienie, którego nie zagarnie grupa gospodarcza policji.
Niedługo później Skałkę otoczył kordon niemieckiej policji, której za przewodników służyli miejscowi volksdeutsche. Na obu krańcach wsi wystawiono posterunki. Mayer polecił sołtysowi, aby uspokoił ludność, że nie grozi jej nic złego. Mieszkańcy, których Łapot uprzedził już wcześniej, że Niemcy przybędą do wsi, aby sprawdzić, czy wszystkie ukrywające się osoby powróciły do swych domów, uwierzyli uspokajającym zapewnieniom. Sam sołtys na rozkaz Mayera zamknął się wraz z rodziną w swoim gospodarstwie. Przed jego domem Niemcy wystawili wartę. Niedługo później do zagrody sołtysa doprowadzono jeszcze rodzinę jego brata Władysława. Zanim rozpoczęła się masakra, z rąk Niemców zginął agronom Antoni Fatalski, który był dowódcą miejscowej drużyny AK. Jego śmierć skłoniła niektórych mieszkańców do poszukiwania schronienia. Niedługo później zastrzelono Stefana Komisarczyka, który usiłował wyminąć niemiecki kordon.