Сцяг Пуэрта-Рыка — афіцыйны сімвал свабодна асацыяванай дзяржавы Пуэрта-Рыка.
Сучасны сцяг Пуэрта-Рыка быў створаны ў 1895 годзеWorld Statesmen.org — Puerto Rico. на аснове кубінскага сцяга, са зваротнай заменай колеру трохвугольніка і палос, і выкарыстоўваўся як сцяг пуэртарыканскай секцыі Кубінскай рэвалюцыйнай партыі, якая змагалася за вызваленне ад іспанскага панавання Кубы і Пуэрта-Рыка.Журнал «Вокруг света». Геральдический альбом. Лист 25.
25 ліпеня 1898 года падчас іспана-амерыканскай вайны ў Пуэрта-Рыка ўварваліся амерыканскія войскі, высадзіўшыся ў муніцыпалітэце Гуаніка (). У выніку вайны Іспанія была вымушана саступіць Злучаным Штатам Амерыкі Пуэрта-Рыка, а таксама Кубу, Філіпіны і востраў Гуам па Парыжскаму дагавору 1898 года. Treaty of Paris (1898) .
З 1 студзеня 1899 года і да 1952 года адзіным афіцыйным сцягам Пуэрта-Рыка быў сцяг Злучаных Штатаў.
24 ліпеня 1952 года сцяг 1895 года быў афіцыйна абвешчаны дзяржаўным і нацыянальны сцягам Пуэрта-Рыка, які можа вывешвацца толькі адначасова са сцягам ЗША.
У 1995 годзе, урад Пуэрта-Рыка зацвердзіў палажэнне аб сцягу Пуэрта-Рыка Reglamento sobre el Uso en Puerto Rico de la Bandera del Estado Libre Asociado de Puerto Rico ., у якім прыведзены колеры сцяга без указання каляровага тону, таму можна сустрэць сцягі з рознымі каляровымі адценнямі сіняга і чырвонага колеру.
Сцяг