mini|palace|250px|Skeletna formula pirolizina mini|palace|250px|3D prikaz pirolizina Pirolizin ili pirrolizin (skraćeno Pyl ili O) je prirodna aminokiselina, čiji genetički kod koriste neke metanogena archaea i jedan poznati enzim koji učestvuje u dijelu metabolizma metanskih bakterija. Sličan je lizinu, ali sa dodatkom pirolinskog prstena, koji je vezan za kraj lizinovog bočnog lanca. U tim organizmima je neobičnog genetičkog koda i smatra se 22. proteinogenom sminokiselinom.Nelson D. L., Michael M. Cox M. M. (2013): Lehninger Principles of Biochemistry. W. H. Freeman, 2013..National Nutrient Database for Standard Reference. U.S. Department of Agriculture.
Zajednička nomenklatura Odbor a IUPAC / IUBMB je za pirrolizin službeno preporučila simbol tripleta Pyl i jednoslovni simbol Ohttp://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/newsletter/2009.html#item35|publisher=Biochemical Nomenclature Committee of IUPAC and NC-IUBMB, Richard Cammack: Pyrrolysine. Sastav Kao što je određeno putem X-kristalografije , pirrolizin se sastoji od 4-metil pirolin -5-karboksilata u amidnoj vezi sa ε n lizina.
Sinteza Pirolizin se sintetizira in vivo spajanjem dva molekula L-lizina. Jedna molekula se prvo pretvara u (3R)-3-metil-D-ornitin, koji se potom spaja sa drugim drugi lizinom. NH2ispada, a zatim spoj ciklizira, a dehidracijom nastaje L-pirolizin. Katalitska funkcija Dodatni pirolinski prsten u aktivne ćrlije uključuje nekoliko metiltransferaza, gdje, vjeruje se, rotira relativno slobodno. Smatra se da je prsten uključen u pozicioniranje i ispoljavanje metil grupe metilamina za napad od korinoidnog kofaktora. Prema predloženom modelu, obližnje karboksilne kiseline na mjestu ostataka glutamata, postaju protonirane, a protoni onda mogu biti prebačeni u imin prsten dušika, otkrivajući susjedni prsten uglljika u nukleofilnnom omotaču metilamina. Pozitivno usmjereni dušik, stvaranjem ove interakcije, može zatim ući u interakciju sa deprotonisanim glutamatom, što dovodi do promjena u orijentaciji prstena i izlaganja grupa metil izvedenica iz metilamina do obavezujuće pukotine, gdje može komunicirati sa korinoidom. Na taj način se neto se prenosi na kofaktor kobaltovog atoma, s promjenom oksidacije, od I do III. Metilamin-izvedeni amonijak je tada oslobođen i vraćan na originalni imin.
Genetičko kodiranje Za razliku od posttranslacijskih modifikacija lizina, kao što su hidroksillizin, metilllizin i hipuzin, pirrolizin je inkorporiran u translaciju (sintezu proteina) u režiji genetičkog koda, baš kao i svaka standardna aminokiselina. U iRNK, to kodirana triplet UAG (kodon), koji je u većini organizama "amber" stop kodon. To zahtijeva samo prisustvo pylT gena, koji kodira neobičnu RNK (tRNK) sa CUA antikodonom, a pylS gen, koji kodira klase II aminoacil- tRNK sintetaze koja puni pylT - zvedene tRNK pirolizinom.
Ovaj tRNA-AARS par ("ortogonalni par") je nezavisan od drugih sintetaza i tRNK u Escherichia coli, a dalje ima izvjesnu fleksibilnost u rasponu uključenih aminokiselina, što ga čini atraktivnim sredstvom kako bi se omogućio plasma, a možda širok spektar funkcionalne hemijske grupe e na proizvoljno navedenim lokacijama u modificiranim proteinima. Također pogledajte Aminokiseline Lizin Reference
Vanjski linkovi Chemical and Engineering News article (May 27, 2002) on discovery of the amino acid
Kategorija:Alfa-aminokiseline Kategorija:Proteinogene aminokiseline Kategorija:Pirolini